Версия 1. Неизвестное науке животное
Данная версия выдвигалась первоначально, однако она была почти сразу опровергнута: лобная доля головы существа была слишком большой, что свидетельствовало о слишком высоком для животного уровне развития головного мозга.
Версия 2. Недоношенный младенец-мутант
Крайне необычная внешность существа могла быть причиной сильных мутаций в результате комплексного воздействия неблагоприятных экологических факторов (радиация и химия). Местность, в которой был найден карлик, характеризуется, с одной стороны, развитой химической промышленностью, а с другой — низкой культурой экологической безопасности. Постоянное отравление местности химией, в том числе солями тяжёлых металлов — ещё один неблагоприятный фактор, способствующий увеличению числа мутаций. Помимо катастрофы на комбинате «Маяк» зафиксированы множественные и регулярные случаи падёжа домашнего скота в окрестностях Кыштыма после вредных выбросов, вылова рыбы без глаз или плавников и т. д. В свою очередь, у найденного артефакта отсутствовала пуповина и хрящевые костные ткани, но при этом имелись в наличии зубы. Данные особенности анатомического строения нехарактерны даже для сильно мутировавшего человеческого плода.
Версия 3. Близнец-паразит
Данная версия считается[кем?] более правдоподобной гипотезой, чем предыдущая. Согласно ей, биологический артефакт представлял собой уникальный и редчайший случай сильно мутировавшего близнеца-паразита женского пола, который находился в матке девочки-хозяина вплоть до её полового созревания, когда он и был рождён. Это объясняет и отсутствие хрящевых костных тканей, свойственных новорождённым, и сформированность черепной коробки «Алёшеньки» (отсутствие родничков), а также наличие зубов и отсутствие пуповины. В таком случае возраст артефакта можно оценить в 11-14 лет. Необычная форма черепа в форме «тюльпана» с высокой вероятностью есть следствие уродства. Нельзя отрицать и вероятность того, что череп карлика мог быть злоумышленно деформирован для придания ему необычной формы, а самому артефакту — сенсационности. На видеозаписи череп карлика сформирован из четырёх явно выделяющихся и неправильно сросшихся костей, что и явилось причиной необычной формы черепа. Явно выделяющиеся кости хорошо согласуются с версией о недоразвитом человеческом существе, достаточно вспомнить, что этот признак характерен и для обычного человеческого эмбриона. «Отсутствие» первичных половых признаков на теле артефакта может объясняться как уродством (такие случаи известны и досконально описаны наукой), так и тем, что проводившие осмотр медики могли не различить женских половых органов у организма, который не сформировался, да и к тому же сильно пострадал от варварской мумификации летом в жаркую солнечную погоду. Случаи уродства, при которых отсутствует ректальное отверстие, зафиксированы в медицинской литературе и не представляют из себя «необъяснимого феномена». При этом известны случаи диффузного питания близнецов-паразитов в организме хозяина через слизистые оболочки. Этот научный факт очень хорошо согласуется с показаниями очевидцев, которые утверждали о наличии «студенистых» кожных покровов у артефакта в период его жизни и о выступающей на них слизи после кормления. Показания ряда очевидцев, свидетельствующих о необычайной волосатости «Алёшеньки», также хорошо согласуются с гипотезой о недоразвитом и сильно мутировавшем человеческом организме. Обильный волосяной покров, например, характерен для абсолютно нормальных и здоровых человеческих эмбрионов в возрасте 4 мес., когда происходит активное формирование волосяного покрова. Проверить или доказать наличие у артефакта вертикальных зрачков («кошачьих глаз») по сохранившимся материалам видеозаписи существа в принципе невозможно, так как к этому моменту труп серьёзно пострадал при неквалифицированной попытке его мумификации. Запечатлённый на видеозаписи темно-коричневый «вяленый» цвет трупа существа не представляет из себя ничего удивительного, учитывая способ его мумификации, равно как и исходивший от него «тошнотворный запах».
Также следует отметить, что в силу уникальности феномена рождения близнецов-паразитов по достижении полового созревания у девочек, данное явление плохо изучено и требует дальнейших исследований, что, впрочем, не позволяет сомневаться в его объективном существовании. В медицинской литературе был описано всего лишь 76 подобных случаев, однако нет никаких оснований не считать, что в реальности число недокументированных случаев гораздо больше, и «Алёшенька» — один из них. Наконец, следует иметь ввиду, что данная гипотеза — единственная, которая хорошо или, по крайне мере, удовлетворительно объясняет отличия карлика от обычного человека по всем основным пунктам, при этом в каждом случае надёжно ссылаясь на науку (описанные в медицинской литературе случаи).
